虽然现在先预算再研究的制度本身就很不合理，但是我们申报课题还是必须根据《国家自然科学基金经费管理办法》进行预算，预算一定要合理准确。经费预算主要有以下原则。
往年一般都有5%左右的管理费，从2016年基金申报开始，已经取消了管理费，分为直接经费和间接经费。其中直接经费是直接划拨到项目申请人的课题经费中，间接经费直接划拨给依托单位，已经涵盖项目管理费和水电费等。
对于基础医学和生物学来说，实验材料费和测试化验加工费是永远的大头，一般占到60%-70%以上，占的百分比越多，越能说明“好钢都用在了刀刃上”，评审专家对标书的印象就越好。并且实验材料必须按照实验内容进行配置，切记不可弄虚作假或者增添一些明显用不到的实验材料。实验材料的开价要合理，不能胡来，评审专家都是行家，那种8000块一支的“抗体”之类的预算只能证明申请人要么不懂实验，要么就是想套钱，都会很大程度地“减分”。
燃料动力费如果没有特殊情况，最好不要预算，日常的燃料动力费已经包含在间接经费里了。
差旅费和国际合作与交流费：这两项要特别注意，现在抓“科研腐败”正在风头上，小编曾见过有的标书中这两项的总开支占总申请经费的60%左右，这样的标书即使写的再好，也是直接KO出局，建议这两项的开支总额低于10%。各位看官或许说了“现在不是鼓励合作交流么？”，但是要知道，基金委和评审专家对所谓的“合作交流”心知肚明，所以建议在预算上不要做得太“过火”。建议面上项目设置国际合作与交流费最多1人次出国合作交流，青年项目不要设置该预算。
会议费：对于青年项目和面上项目来说，不建议有会议费的预算，会议费一般开支都比较大，一个小小的青年或面上基金很难支持举办会议，举办会议的一般都是大牛，一般的科研者项目经费难以支撑，所以这项可以不预算。
出版文献信息传播知识产权费：由于现在动辄过万的版面费，所以该项可以稍微多预算一些，而且纸张文具复印打印的都可以从这里出，绝对不会因为预算太高钱花不完。
劳务费：一般都是雷打不动的15%，这也是目前诟病比较多的开支了。但是目前的形势下，还是乖乖的预算在15%以下吧。
设备费：最好不要设置设备费的预算。在基金委的眼里，连仪器都不全的实验室根本没有做实验的条件，设备这些个硬件一般都是自己解决的，基金委的钱就是纯用来做实验的。虽然很不合理，但是千万不要试图和基金委讲道理。
在基金预算中，差旅费、国际合作费和劳务费可以转为材料费（在材料费不够用的情况下），反之则不行。总的来说，基金预算遵循的原则就是“预算一定要合理，至于拿到钱之后怎么花，那是我们自己的事”。